孙恩（？～402），一名灵秀，东晋五斗米道道士和起义军首领。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。孙恩的叔父孙泰奉杜子恭为师，后继传杜子恭的道法，被人敬信。在东晋时期，他的叔父与多位官员有着深厚的关系，如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等。
然而，在王恭之乱爆发后，孙泰被诱杀，其六子也遭同样的命运。孙恩逃到海岛，与数百名信徒聚集，并决定为叔父复仇。在隆安三年，他率领这群信徒攻克上虞，并在会稽地区建立了自己的政权。他自称“征东将军”，并设立了一系列官职，将自己的追随者称作“长生人”。他要求诛杀会稽王道子和元显父子，但这引起了朝廷的强烈反应。
为了镇压孙恩领导的起义，东晋政府派出了重兵，由谢琰率领。他先是攻下义兴，然后继续推进至吴兴，并分兵协助刘牢之向钱塘江推进。当孟获看到官军即将渡过钱塘江时，他率领男女二十余万口向东撤退，最终再次退入海岛。
尽管如此，这场起义并未完全平息。卢循，即孙恩妹夫，也成为新任领袖，他继续领导残存人员进行战斗，最终占据广州，并一度大举北伐直至失败。这场由五斗米道组织起来的大规模民变，对于动摇了当时封建统治结构，同时也促使了天师教系的一些改革，以及南北朝期间天师教系出现的情况产生了影响。
《隋书·经籍志》中记载有《孙恩集》的存在，但已佚失。但是他的故事仍然在历史文献中留下了痕迹，为我们提供了解古代社会宗教信仰以及政治动荡状态的一个窗口。
