孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军首领，字灵秀。他的家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后的一支世族。孙恩的叔父孙泰曾经是五斗米道的重要人物，受人敬信。
在隆安二年（398年），王恭之乱爆发时，孙泰计划起兵讨伐，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃到海岛，与一百余名信徒秘密集结，以复仇为目的。
当时，会稽王世子司马元显发布免奴令，让民众从各郡到京师充当兵役，这激起了民心骚动。孙恩趁机率领部下攻克上虞，并迅速扩展势力，最终控制了会稽八郡。他自称“征东将军”，建立官职，并号称其追随者为“长生人”。
面对这一威胁，东晋政府派遣谢琰率重兵讨伐。在多次战斗中，起义军遭遇挫折，而民众也因饥饿、疫病而大幅减少。当谢琰攻占义兴并击败许允之后，他继续进军至乌程，并与刘牢之合作向钱塘江推进。
最终，在隆安四五年的某个时间点，经过长期战斗和内部分歧，加上给养困难和疫病流行，“死者大半”。在这种情况下，孙恩投海自尽，其信徒则认为他已成“水仙”，纷纷跟随其死去。
尽管如此，对于这场由五斗米道组织的起义，有着深远影响，它不仅动摇了晋室封建统治，也促使南北朝时期出现了一系列改革，如冠谦之、陆修静等对道教进行改革，以及南北天师道的兴盛。此外，《隋书·经籍志》还记载有《孙恩集》，但已经散失无存。
