在金元时期，丘处机以通密为字，号称长春子，被尊称为全真道中的七位圣人之一。他的故事因在西域劝说成吉思汗减少杀戮而广为流传。在金庸的武侠小说中，他被描绘成一位武艺高强、豪迈奔放的道士，使他成为众多读者心目中的传奇人物。
丘处机师承王重阳，他曾在陕西磻溪穴居六年，这段时间里，他戴着蓑笠，在山林间行走，因此人们也把他叫做“蓑笠先生”。之后，他又隐居于今陕西龙门山，并深入研究养生学和道学，同时结交了许多文人学士，增广了自己对历史和文化的了解。
1188年，当金世宗召唤他时，丘处机便从陕西前往燕京（今北京），负责塑造王重阳和马丹阳的像，并主持了一场名为“万春节”的醮事。在这次活动中，他向金世宗提出了关于“持盈守成”的忠告，这也使他的名声大幅提升。
1203年，丘处机担任全真道第五任掌教，一直掌教到1227年共计二十四年。这期间，全真道得到了巨大的发展，其影响力在社会上得到了显著增长。1214年，当杨安儿起义爆发时，由于丘处机声望极高，所以当金朝驸马都尉仆散朝恩请求其协助招抚乱民时，便能够迅速平息局势；同样地，在1216至1219年的南宋与金朝政府的诏请中，都没有出现他出仕的情况。
最著名的是1220年的事件。当成吉思汗听闻丘处机之名后，便遣使相召。于是，在1222年初夏，丘处机会见了成吉思汗，并提出了关于敬天爱民以及清心寡欲等理念，这些言论深受成吉思汗青睐，以至于有时甚至令其停止杀戮。此外，还有记录显示，每当谈及长生不老或是统一天下的时候，丘处机会自言：“要长生须清心寡欲；要一统天下须敬天爱民。”这些思想对于后来的历史产生了重要影响。
回到燕京后，不仅继续管理全真教，还曾经释放了大量沦为奴隶的人们，并通过加入全真教可以免除差役的手段帮助解救更多汉族学者，最终使全真教达到鼎盛，而他的个人形象也达到了巅峰。最后，在1227年的某个时候，从白云观飞升离世，为後世留下《磻溪集》、《鸣道集》等著作。
