医药书籍占据了《道藏》的内容的百分之七十以上，包括医经、养生、气功、内丹、方剂、养性等各类文献近千种。其中，有些医书属于孤本、珍本、秘本而仅存于《道藏》中。1针灸作为中医学的一部分，同样受到了道教思想的深刻影响。因此，深入研究《道藏》，不仅对针灸理论的挖掘和发展有重要意义，亦可为针灸临床提供指导。
在《内经》方面，《正统道藏》中收录有王冰注解的《黄帝内经素问补注释文》，该版本至今仍被视为影响最大的通行本，对于阐发针灸理论颇多。在病机和病候的注释方面，王冰多以经络学说为理论基础，如在“刺热”、“刺疟”、“风论”、“痹论”、“痿论”等篇章中，以经脉学说来解释其发病机理，使其便于后世医家理解和应用。
王冰还广征博引，将《素问》与其他书籍相结合，从而保留了部分今已失传的腧穴，使得《素问》的腧容趋于完善。此外，他倡导“同身寸”为主的正确取穴法，并校正了一些腧穴位置，为提高针灸临床效果起到了促进作用。
在经脉理论方面，《正统道藏》独到地提出冲、任、三脉一源三歧”的理论，这对于扩大奇经八脉理论对临床指导作用具有重要意义；在治神方面，该著强调术者应专其精神，寂无；在候气方面，它要求审其病藏，以期其气而刺之；在补泻方面，则强调先补后泻的情理。
二、《灵枢》
此卷重视针灸，对第一篇“九needle十二原”特别强调“先立needle 经”，并涉及大量关于纵横走向以及取穴方法等内容，为后世针灸发展奠定了坚实基础。
除了上述特点，全經都采用黃帝與岐伯問答形式參對其他經典，並進行校正，如對於一些穴位位置或說法進行詳細釋義。
三、《难经》
该書僅存於 《正統道蔵 中，是宋李駉注释的 《黃帝八十一難經纂圖句解》，該書補充了 《內經 》中的十二經脈論述，以及發展了奇經八脈論述，並首次提出八會穴，使得學術思想趨向完整化與系統化。
四、《太平経》
此書既是早期佛教醫學著作，也是一部重要醫學著作，其中包含許多關於針劍療效好壞與精神因素相關性的論述，如治百中百,治十中十,實與氣相應則神為其驅使;治十中九失一, 與陰脈相應, 精為其驅使等觀點。
五、《肘後方》
該書保存了較為豐富的地熱法資料，如隔物熏燒全書載有隔鹽熏燒、中藥熏燒、高香熏燒等，這些都對後世使用者產生影響並啟發他們創新。同時還記錄了一些特殊針法如鼻指頭指按術、小指挑髮術、大拇指按心下一寸處技巧等，這些都是針劍技術的一大進步。
六、《千金要方》
這部作品共30卷，但被析為93卷，其中87-93卷專門講針劍，在其他卷也散見提及。它開拓了經穴理論，比如考訂12個主要循行5個輸血循行流動路線，並將明堂3人圖用文字記載出來描述每一個點。而且它重視非常規點，用字繁簡，由奧顯浅入淺出，即便初學者也能理解並從事。
總結來看，《正統道蔵 中收錄的大量醫藥典籍，不僅提供了解古代醫學知識和技術的手段，更是對現代科研工作具有極高價值。通过重新编排这些资料，可以更全面地理解古代医学文化，并推动现代医学领域进一步发展。这些建议不仅适用于历史研究，而且对于想要探索传统医学知识的人来说也是极具吸引力的选择。
