医药书籍占据了《道藏》的内容，达到了百分之七十以上，其中包括了医经、养生、气功、内丹、方剂等各类文献近千种。其中，有些医书属于孤本或珍本，只有在《道藏》中才能找到。这不仅是因为这些书籍对针灸理论的研究和发展具有重要意义，同时也为针灸临床提供了指导。
《内经》中的王冰注解，是影响最大的通行本之一，其对于病机和病候的注释多以经络学说为基础。在如“刺热”、“刺疟”、“风论”、“痹论”、“痿论”等篇章中，王冰运用经脉循行来解释其发病机理，使后世医家能够更好地理解和应用。
王冰在注解过程中广征博引，将《素问》与其他书籍相结合，从而保留了一些今已失传的腧穴信息，使得《素问》的腧容更加完善。例如，《素问·气府论》提到：“侠背以下至尻尾二十一节，十五间各一”，王冰则指出这是根据“真骨”的记载，这部分内容并不见于现存版本。
此外，王冰还倡导“同身寸”的取穴法，并校正了一些腧穴位置，如将天突定位于颈结喉下四寸，而非五寸。这对于提高针灸临床效果起到了积极作用。
在经脉理论方面，王冰提出冲、任、督三脉“一源三歧”的理论，这扩大了奇经八脉对临床指导作用；在治神方面，他强调术者应专心精神，不要杂念；在候气方面，他建议审查疾病所藏，以期其气而施针；在补泻方面，他强调先补后泻，对临床治疗有着重要意义。
二、《灵枢》
这部著作重视针灸，因此第一篇即强调了先立针经，并且涉及大量关于需要选择、何时何处施加，以及如何进行手法等内容，为后世培育奠定基础。此外，全部采用黄帝与岐伯问答形式，与其他医学典籍进行比较校订，如对男女关系提出的不同看法，也能增加理解深度。
此外，《灵枢》的某些观点，比如关于阴阳平衡与人体健康之间联系的问题，在现代医学上仍然非常值得探讨。
最后，我们不能忽略李駉对难經學说的独到的見解與論述，這使得難經學術思想趋于完整化和系统化。而李駉の註釋因為早已亡佈，所以宋代時傳下的註釋流傳至今者很少，因此他的註釋具有一定的參考價值。
