在道教发展的高峰期，外丹学说遭遇了副作用的困扰，而太宗之后服丹而死的事件频发。司马承祯和吴筠则倡导内丹学说，以批判外丹之弊，并开创了道教炼养长生内丹派。嵩山天台中的玄宗对吴筠有所求问，吴筠以华州华阴人自居，其文辞通晓尤其擅长经史。未能及进士，但性情高洁，不随流俗。
十五岁时，吴筠迷于道教，与同好隐居南阳倚帝山，后入嵩山学道，从体玄先生成潘师正为师习传上清经法。他钻研奥义与法术，最终掌握精要。在唐玄宗开元年间，吴筠离开嵩山、金陵访道后隐居茅山，再东游天台，在剡地与越中名士诗酒交往，其诗歌名震东南，被传至京师。
玄宗闻知其大名，即遣使征召，他到达长安，在大同殿拜见玄宗二人论道说法相投。玄宗令待诏翰林，对神仙事物询问，吴筠指出修德获仙非朝廷所能办得到的事。在京城，每当朝会时，与文武官员列位就座，对启奏陈述，有时言辞激切表忠心，因而被器重。
天宝年间，由李林甫、杨国忠辅政，当朝政治日乱，预测将来大乱，上奏请求返归嵩山多次未被批准，最终允许住持岳观内道院。当安禄山、史思明叛乱前夕，再次向玄宗上奏请求回茅山得准。在荒乱年代，与李白等文人活动生活平静。在唐代宗大历十三年去世，其邑冀元等商议谥号为“宗玄先生”。
著有《玄纲论》、《神仙可学论》等，以及其他一卷，如今《尊元先生文集》传世。此外，他还阐发了内丹思想，即守静去躁、恬淡无为不悲不乐，以此达到泰然忘情超然物外境界自然可达长生久视。他认为神仙之道比儒墨更高，可以通过学习实现成仙，并指出了自古成仙的情况三种可能。
