孙恩（？～402），东晋五斗米道道士和起义军领袖，以字称灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境南）。家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族。其叔父孙泰，受杜子恭为师，被人敬信。东晋官员孔道、桓放、周勰等都尊崇孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐为名私自聚众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃到海岛，与百余名追随者定下复仇的决心。在民心骚动的机会下，他率众攻克上虞、破会稽，并杀死会稽内史王凝之。八郡人民响应，数十万人加入他的起义军，他们占据了会稽八郡。
孙恩自称“征东将军”，设立官职，并号其徒为“长生人”。他上表请求诛杀会稽王道子和元显父子，但未果。当时畿内多处出现盗贼活动，而他的党派也有潜伏在建康的人员，因此内部外部都采取严密措施。
谢琰率重兵讨伐孙恩及其队伍，但最终失利。后来由于给养困难和疫病流行，加上战事连年，许多士兵丧命。在此背景下，孙恩于元兴元年三月进攻临海失败，最终选择自沉 海中，由信徒认为他已成“水仙”，投水而死，有百余人跟随他殉葬。
虽然如此，一些剩余的义军继续由卢循领导，其势力一度大举北伐，最终在义熙七年（411）失败告终。作为五斗米道组织者之一，孙恩通过他的起义不仅影响了封建统治，也促使了天师道与其他宗教改革，以及南北朝时期宗教发展的新格局。而《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》的存在，但已散佚无存。
